大部分路人，要么在开头几集就被劝退，要么看完了也一头雾水。
所以我就尽量简单地给大家理一下故事脉络。
up主的其他马甲：青右（贴吧）、青之魔法（NGA）
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I.剧情的脉络
以下按剧情发展的时间顺序：
1. 大背景
大源枯竭，神秘侧面临崩溃，魔术师废了。
地球资源枯竭，环境恶化，世俗人类没了未来。
总之，无论是拥有超自然能力的人(魔术师)组成的小圈子，还是普通人类的世界，都要完蛋了。
即：人类文明要完蛋了。
西欧财阀图统治人类世界，希望以强制的和平，来延缓人类文明完蛋的时间。
2.新希望
月球是一台超级电脑，即MoonCell。MoonCell拥有圣杯功能，可以许愿。
人类可以将身体留在地球，意识前往月球，参加MoonCell举办的圣杯战争，获得胜利，然后许愿(输入指令)。
3.关键的参赛者
参赛者——雷欧纳多·比斯塔里奥·哈维：
西欧财阀统治世界。所以，西欧财阀的领导人，当然就是全人类的王。哈维——西欧财阀下一任领袖——“理想的王圣”。
西欧财阀维持和平，减少人类文明的内耗。但是，如果不能突破，或许只是延缓人类灭亡的时间而已。
游戏主角——岸波白野：
跟其他参赛者一起竞争，但实际上是NPC。
这样的异常状态，一旦被发现，就会被删除。
最终BOSS——特维斯·H·皮斯曼：
在战争中救死扶伤，却想通了“战争才能促进人类进化”这件事。
他的数据被MoonCell记录下来，在MoonCell中再现。表面上是参赛者，但其实也是NPC。
这样的异常状态，一旦被发现，就会被删除。
参赛者——远坂凛：
如果哈维获胜，西欧财阀就将彻底统治世界。远坂凛对此不爽，打算阻止。于是参加圣杯战争。她表示：参加这场战争就是为了揍雷欧纳多·比斯塔里奥·哈维。
参赛者——拉尼VIII：
三大魔术组织之一的阿特拉斯学院，造出拉尼VIII，派她来参加圣杯战争。在魔术师失去力量的这个时代，人造人拉尼VIII可以说是学院的最后的杰作。
学院的意思有两点：
1.如果月球电脑危害人类，就摧毁它。
2.寻找你自身的存在意义。
4.月球圣杯战争
特维斯成功击败其他参赛者，获得胜利。但特维斯是异常状态，一旦被发现，就会被删除。
从被发现到被删除，并不是一瞬间的事。
因此，特维斯可以在被删除之前，进行许愿(输入指令)。
但是，他无法见证他的愿望(通过战争促进人类进化，成功自救)能否成功。
所以，他不愿意这么做。
而是，他改变圣杯战争规则，然后等着下一个获胜者来到他的面前。
如果对方不能帮自己实现愿望，就杀掉对方。再等下一个。
此时他有着“觉者”这样强大的从者。根本无人可以击败他。
特维斯，成了最终BOSS。
此后，圣杯战争再开，每次的胜利者都要过他这最后一关，但都倒下了。
地球人类的王——哈维，不能让他满意。
游戏主角——岸波白野，也拒绝认同他的理想。
游戏主角——岸波白野战败而死。她的从者——尼禄，也被觉者从最上层打入最底层。(动画第一集，岸浪白野和尼禄在最底层相遇)
特维斯绝望了。他前往MoonCell的核心，输入指令，关闭MoonCell。特维斯对拯救人类这件事，已经不抱希望了。
5.意外
MoonCell没有整个被关掉。但是，处理死者残留感情的功能，被关掉了。
特维斯残留的感情，重新聚合成了特维斯，再次守在最终关卡，等着挑战者来。当然，特维斯此时已经不对人类抱有希望，他只是想见证人类的毁灭，直到最后。
特维斯的从者——觉者，觉得再呆在这也没什么意义，就离开这个宇宙了。只留下一件宝具。
游戏主角——岸波白野，她的感情残留，加上其他失败的参赛者的执念，聚合成了——动画主角——岸浪白野。
6.千年后 月球圣杯战争
动画主角——岸浪白野，带着他的从者尼禄。再一次，一层层打上去，打到最终关卡。
最终BOSS特维斯，依然守在那里。只不过，他的从者觉者早就离开了这个宇宙，只留下一件宝具。
比起千年前，我方多了战友相助。
而敌方的觉者已经离开，只留下一件宝具。
战力上，就好打多了。
动画主角——岸浪白野是死者，最终BOSS——特维斯，也是死者。
但是，岸浪白野变成了生者。死者阻止不了生者，所以特维斯阻止不了岸浪白野。
岸浪白野接触到MoonCell的核心，成功许愿(输入指令)。
废掉的地球被恢复。残存的人类重新建立文明。
岸浪白野本来就是个BUG。既然被被Mooncell发现了，确认了身份，也就被删除了。
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II.Up主解答一些观众的疑惑：
问：
Fate系列之间的关系是？
答：
首先有个当初就没写完，已经拖了20年以上，至今仍未完成的原型。
然后，第一部正式推出的Fate作品，是2004年的《Fate/stay night》。以此为基础，推出了后续作品。后续作品的世界观、设定、势力甚至大量人物都继承自《Fate/stay night》。
然后，原作者打算写个全新的Fate，这就是《Fate/extra》系列。说是全新的系列，但即便如此，仍然有很多《Fate/stay night》的角色被搬进了《Fate/extra》系列。
《Fate/Stay night》里有间桐慎二、远坂凛、间桐樱、言峰绮礼。《Fate/extra》系列里也有这几个角色，但实际上是平行世界的不同的人。年代、背景都不同。
问：
《Fate/extra Last Encore》和原作的关系？
答：
《Fate/extra》是游戏，之后还有《Fate/extra CCC》等作品。而动画《Fate/extra Last Encore》是原作者(奈须蘑菇)写的新故事。发生在原作时间点的很多年以后。
从这个意义上说，是TV原创动画，而不是原作与改编动画的关系。不过世界观和设定继承之前的作品(当然也加了新东西)，剧情也有一定的联系。
问：
为什么这部动画有很多其他《Fate》系列作品的角色？
答：
不是同一个人。《Fate/Stay Night》和《Fate/extra》是同一个作者。他只是故意这么设计而已。
例子：
《FELE》远坂凛，现实中是个金发女性（你在最后一集看得到），只是虚拟形象设计成了近似《Fate/Stay Night》远坂凛的样子。并且作者故意设计她的家庭背景跟远坂家有联系。
问：
我给弄糊涂了。到底是岸波白野，还是岸浪白野？
答：
千年前，游戏主角——岸波白野，死了，但是残留着情感。其他失败者也残留着情感。残留的情感聚合成了动画主角——岸浪白野。他，是死者的执念聚集起来形成的。
问：
爱丽丝回忆里的“大哥哥”到底是谁？
答：
官方说这是白野B。总之是另一个白野。具体是哪个没说。如果官方有新答案，我会在评论区写的。
关键在于一点：
动画男主角岸浪白野是无数战败者的残留情感的聚合体。
打个比方：
你跟A有交情。A死后，A的情感成了男主角的一部分。于是，男主角在你眼里，就是A，长的就是A的样子。
问：
动画第一集学校这些人，不是千年前的参赛者的吗，怎么又出来了？
答：
这是“再演”，把当年的事情重演一遍。至于是MoonCell的想法，还是特维斯的想法，动机又是什么，官方没说。
问：
当年的阶层之主，现在是个什么状态？
答：
千年前，是游戏主角一层一层打上去。现在，是动画主角一层一层打上去。
每一层的阶层之主、守关BOSS，大体还是这么些人，不过状态不一样。
阶层之主们的状态：
间桐慎二——当年的幸存者，停留在一个阶层，经营着城市。
老骑士丹——当年就死了，然后重生了，继续当阶层之主。
爱丽丝——原本就是电子幽灵，现在还是。
尤里乌斯·贝尔奇斯科·哈维——当年就死了，是死者，获得属于死者的外挂“死相”。
雷欧纳多·比斯塔里奥·哈维——当年就没死，是生者。
特维斯·H·皮斯曼——当年自杀，是死者，获得属于死者的外挂“死相”。
问：
拉尼VIII和远坂凛怎么回事？
答：
当年在第六层，两位参赛者——远坂凛和拉尼VIII，相争。原本的规则，就是胜者继续游戏，败者死亡。
但是，两个人没能争出胜负，不胜不败。两个人陷入沉睡，无数没思想的复制体产生，继续两人未完的战斗。
千年后，动画的时间点。动画主人公岸浪白野闯关。他在第一层就遇到了远坂凛，那个是有智慧的复制体，复制体有本尊的思想。
有智慧的复制体带着主人公岸浪白野，来到她们本体所在的第六层，给她们一个解脱。不胜不败，永远在这里，太痛苦了。失败也比这个好。
客观上：
二人因为不分胜负，所以一直僵持着过了千年。
岸浪白野的行为，客观上导致“其中一个被救，另一个死了”这样的结局。
这样就被判定分出了胜负。问题解决了。
主观上：
如果可以的话，岸浪白野还是希望能把两个都救起来。
来源：ACFUN 会计